حسین مرتضاییان آبکنار در ۵ اسفند ۱۳۴۵ در تهران متولد شد. پس از به پایان بردن تحصیلاتش در رشتهٔ هنرهای نمایشی (گرایش طراحی صحنه) به فیلم‌نامه‌نویسی روی آورد. در زمان جنگ ایران و عراق بین سال‌های ۱۳۶۵-۱۳۶۷ به سربازی رفت و حضورش در جبهه‌های جنگ «بر فضای داستان‌هایش تأثیر گذاشت.» در سال ۱۳۶۸ در جلسات عمومی داستان‌خوانی سیروس طاهباز در کانون پرورش فکری کودکان و نوجوانان شرکت کرد. در سال ۱۳۶۹ با دائر شدن کارگاه داستان‌نویسی گلشیری به جمع شاگردان گلشیری پیوست. آبکنار در سال‌های ۱۳۷۷ و ۱۳۷۹ به دعوت گلشیری دو سال مدیر داخلی و عضو هیئت تحریریه‌ی مجله کارنامه بودهاست، (که اکنون توقیف شده)[ او هم چنین سابقه تدریس داستان‌نویسی در دانشگاه هنر تهران و همچنین تدریس آزاد داستان‌نویسی را داراست.
با چاپ دو مجموعه داستان با نام «کنسرت تارهای ممنوعه» در سال ۱۳۷۸ و «عطر فرانسوی» در سال ۱۳۸۲ خود را به عنوان داستان‌نویس مطرح می‌کند. این موقعیت با انتشار رمان «عقرب روی پله‌های راه آهن اندیمشک» در سال ۱۳۸۵ تثبیت می‌شود. رمانی که چندین جایزه از جمله جایزه ادبی هوشنگ گلشیری، مهرگان ، و واو (رمان متفاوت) را درهمان سال نصیب نویسنده‌اش کرد و به دو زبان فرانسه و کردی نیز ترجمه شد.

او در سال ۲۰۱۳ میلادی موفق به دریافت فلوشیپ از دانشگاه هاروارد شد و در حال حاضر ساکنِ آمریکا است.